孔子于“三材之道”之中以“天道”为本。天道观察阴阳，所谓“一阴一阳之谓道”也，而“阴阳之义配日月”，所以观天道主要是观察日月的运行规律，称之为“日月之道”(《系 辞传》。所以《说文》 引《秘书》日“日月为易”。
孔子对天文历法的研究是多方面的，我们在《周 易真原》一书中曾作过探讨甲，卢央也有《易学 与天文学》之作。孔子对太阳周年视运动、周日视运动以及月亮、星星运动都有研究，对节气、气候、物候、病候也都有研究。孔子研究日月星运动的目的是为了制定历法，“君子以治历明时”。 孔子对多种历法都有研究，有太阳历、太阴历、阴阳合历、卦历、60 甲子历、运气历、古六历等，并有了“五岁再闰”之法，请参阅上书自明，恕不详细赘述。
儒分八家，《论语》 乃曾子一派所记。我们认为，还应有《易传》派的纪录，那就是《易纬》(按: 我们称之为数术《易传》)之书了。《隋书.经籍志》 及金鹗《纬候不起哀平辨》认为《纬书》作于孔子。东汉荀悦的《申鉴》说:“世称纬 书为仲尼(孔子)所作。”(卷三 《俗嫌》)。 一般汉代人都相信纬书是孔子所作。郑玄也相信是孔子作，并为之作注。王充《论衡.效力篇》记载，孔子于“秘书微文，无所不定”。张惠言《易纬略义.序》认为纬书是孔子七十弟子之作:“纬者其原出于七十子之徒， 相与传夫子之微言。”我们认为，《易纬》 与传世本《易传》的作者一样，不能证明它不是孔子之作。退一步说，即使不是一时一人之作，但大体上至少可以说是反映了孔子的易学思想，应是孔门的弟子所作，否则不会有那么多的“孔子曰”。 二十世纪上半叶，传世惕传》非孔子作品已成了多数人的共识。然而，马王堆帛书《易传》的出土，这种否定派被彻底推翻了。
《史记》等汉代文献所载《易传》为孔子晚年所作不诬，已成了今天学术界的共识。对于汉人所说孔子所作的《易纬》数术《易传》也是这样，不能轻易给予否定。据《使记》《汉书》 二史《儒林传》载，自孔子授《易》， 六传至田何。田何传田王孙等，田王孙又传施仇、孟喜、梁丘贺。所以说孟喜所得“《易》家候阴阳灾变书”当为孔子易学系统的儒家学说。因为儒家之流就是讲阴阳学说的。何况孔子说“吾百占而七十当”，其占筮术多记载于《易纬》之中，有关内容请参阅<周易真原》 一书。
孔子对自然科学的研究是多方面的，限于篇幅就不多谈了。
总之，孔子是我国古代伟大的科学家。
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